在日本这一“怪兽大国”，人们的光年是最大的长度单位，以光的速度向前直线飞行一年才是1光年，18光年就意味着即便是以光的速度飞行，也要飞18年才能从珈蓝星飞到地球，飞7年，才能到达距离珈蓝星最近的人类星球双子星。日常生活遭受着怪兽的无情破坏。
主人公日比野卡夫卡，小时候住的城市遭到破坏，他与青梅竹马亚白米娜做出了“将怪兽全部消灭”的约定。
然而，32岁的卡夫卡梦想破灭，就职于一家怪兽尸体解体公司“怪兽清洁公司”。
相比米娜作为日本防卫队队员而日渐活跃，卡夫卡每天都过着忧郁的生活。
过来打工的市川莱诺告诉他，防卫队的年龄限制将会提高，并劝他去参加入队考试。
于是重新下定决心的卡夫卡，却突然受到神秘生物的侵蚀，身体开始怪兽化，被称为“怪兽8号”。
